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par Roger Highfield | 29 février 2016

Le nouveau monde

À l’aube de son 69e anni­­ver­­saire, c’est d’un œil amusé que Craig Venter observe son double numé­­rique se balan­­cer d’un pied sur l’autre. Avec sa barbe blanche, son jeans et son t-shirt gris à col en V, l’ava­­tar de Venter est la grande star d’une appli­­ca­­tion pour iPad dont Scott Skel­­len­­ger, respon­­sable du service infor­­ma­­tique, me fait la démons­­tra­­tion. L’ar­­ché­­type minia­­ture de Venter peut même marcher, voire danser à la demande. Nous nous trou­­vons alors dans son impo­­sant bureau de San Diego en compa­­gnie de Heather, son épouse et agent de publi­­cité. Avec humour, Venter m’ex­­plique qu’il voulait à l’ori­­gine pouvoir extraire le cœur de son avatar « à la manière aztèque », ou encore lui préle­­ver le cerveau pour inspec­­tion… et intros­­pec­­tion. Au lieu de cela, le mini-Venter qui gigote dans l’ap­­pli­­ca­­tion est entouré d’op­­tions arran­­gées en un véri­­table système solaire : images en coupe du cerveau, connec­­ti­­vité et anato­­mie, artères intra­­crâ­­nien­­nes… J’étu­­die un scan de ses hanches et de sa colonne verté­­brale puis inspecte l’in­­té­­rieur de son crâne. Des couleurs mettent en avant les diffé­­rentes sections de son cerveau et j’en distingue clai­­re­­ment les substances blanches et grises. « J’ai le cerveau d’un homme de 44 ans », me dit-il. Un autre tap sur l’écran et me voilà qui examine son génome – retraçant ses origines jusqu’au Royaume-Uni –, sa démarche et même ses empreintes de pieds, saisies pour la posté­­rité par un sol intel­­li­gent. Craig Venter, le plus grand entre­­pre­­neur en biote­ch­­no­­lo­­gie de la planète, décom­­posé en format binaire.

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L’ap­­pli­­ca­­tion Health Nucleus
Crédits : HLI

Son dernier projet, Human Longe­­vity, Inc., égale­­ment appelé HLI, a pour mission de créer un avatar réaliste de chacun de ses clients – le premier groupe s’est vu bapti­­ser « les voya­­geurs ». Il s’agit ensuite de leur offrir une inter­­­face person­­na­­li­­sée et convi­­viale qui leur permette de navi­­guer parmi les téra­oc­­tets de données médi­­cales récol­­tées à propos de leurs gènes, de leurs corps et de leurs habi­­li­­tés. Grâce à HLI, Venter souhaite créer la plus grande base de données mondiale desti­­née à l’in­­ter­­pré­­ta­­tion du code géné­­tique, de manière à rendre les soins médi­­caux plus proac­­tifs, préven­­tifs et prédic­­tifs. De telles données marquent le début d’un tour­­nant déci­­sif en méde­­cine, tant au niveau du trai­­te­­ment que de la préven­­tion. Pour Venter, cela ne fait aucun doute : nous sommes entrés dans l’ère numé­­rique de la biolo­­gie, et il est le premier à embarquer dans cette aven­­ture ultime vers la décou­­verte de soi.

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Au tour­­nant du nouveau millé­­naire, lors d’une céré­­mo­­nie orga­­ni­­sée à la Maison-Blanche à laquelle parti­­ci­­paient le président Clin­­ton et le Premier ministre anglais Tony Blair, Venter a dévoilé sa première ébauche du génome humain, une mosaïque d’ADN issue de trois femmes et deux hommes. S’en est suivie une course amère­­ment dispu­­tée entre sa compa­­gnie, Celera, et le consor­­tium inter­­­na­­tio­­nal alimenté par des fonds publics, repré­­senté à la télé­­vi­­sion par le méde­­cin géné­­ti­­cien améri­­cain Fran­­cis S. Collins. Les deux parties présen­­taient ce que le président améri­­cain a quali­­fié comme étant la première enquête sur le génome humain, marquant par là même une étape capi­­tale dans le domaine de la biolo­­gie à grande échelle. En cette jour­­née cani­­cu­­laire de juin 2000, on assis­­tait alors à une brève suspen­­sion des hosti­­li­­tés concer­­nant les méthodes et les résul­­tats de chacun. Venter avait en effet accusé l’ef­­fort public d’être inef­­fi­­cace, fasti­­dieux et inté­­ressé ; en réponse, le consor­­tium avait décrit Venter comme un person­­nage égocen­­trique qui ne cher­­chait qu’à faire sa propre publi­­cité, à dépo­­ser un brevet sur le génome humain et, pendant un certain temps, à ne le rendre acces­­sible qu’aux clients qui accep­­te­­raient de payer.

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Craig Venter, Fran­­cis S. Collins et Bill Clin­­ton

C’est bien la science qui en est sortie gagnante : cette compé­­ti­­tion avait fait avan­­cer la recherche sur le génome de plusieurs années. Par la suite, il est devenu évident que la plus grande contri­­bu­­tion au génome de Venter est prove­­nue de Venter lui-même et, quelques années plus tard, il est devenu le premier être humain capable de visua­­li­­ser l’in­­té­­gra­­lité de son ADN, soit six milliards de nucléo­­tides. « Margi­­nal » et « contro­­versé » sont parmi les adjec­­tifs qui collent à la peau de Venter depuis le siècle dernier. Aujourd’­­hui, ses rivaux dans la course au génome préfèrent mini­­mi­­ser sa contri­­bu­­tion à l’his­­toire plutôt que de conti­­nuer de l’at­­taquer et le présen­­ter comme le bad boy de la biolo­­gie. Son nom n’est même pas évoqué dans un article paru récem­­ment dans la revue Nature, inti­­tulé « Projet génome humain : 25 ans d’une grande biolo­­gie ». Parmi les auteurs de cet article figurent Fran­­cis S. Collins, aujourd’­­hui direc­­teur des Insti­­tuts natio­­naux de la santé améri­­cains, ainsi que Jim Watson, notoi­­re­­ment connu pour avoir décou­­vert la struc­­ture en double hélice de l’ADN… et pour avoir un jour comparé Venter à un tyran. Et pour­­tant, l’ar­­ticle s’ac­­com­­pagne d’une photo­­gra­­phie de source non iden­­ti­­fiée montrant le labo­­ra­­toire de Venter en 1994. Au fil des ans, Venter a fait peu de cas des critiques de ses détrac­­teurs. Watson a enterré la hache de guerre, allant même jusqu’à visi­­ter HLI en octobre dernier. Et si Venter admet être « attristé et contra­­rié » de se voir ainsi effacé de l’His­­toire, il ajoute néan­­moins qu’il n’y a « qu’en démis­­sion­­nant que je leur aurais concédé la victoire ».

Pendant les 15 années qui ont suivi ce tollé géno­­mique, Venter a conti­­nué de coécrire des articles pour de grandes revues scien­­ti­­fiques, trai­­tant aussi bien des greffes de gènes que des innom­­brables séquences géné­­tiques d’or­­ga­­nismes marins micro­s­co­­piques. Son labo­­ra­­toire de séquençage de l’ADN est le premier du genre, et Venter s’est donné pour mission de révo­­lu­­tion­­ner la méde­­cine. « Je me moque bien de savoir comment on se souvien­­dra de moi. » Dans son bureau de HLI, Venter me montre une photo d’un événe­­ment auquel il a récem­­ment parti­­cipé : un stade entier rempli de milliers de lycéens « passion­­nés de sciences et de méde­­cine ». D’après Venter, il ne sera pas diffi­­cile de convaincre tous ces jeunes de l’im­­por­­tance de sa recherche, contrai­­re­­ment à ceux de la vieille école. Et pour cause : aujourd’­­hui, certains manuels expliquent comment il a gran­­de­­ment contri­­bué au séquençage du génome humain, il y a main­­te­­nant 15 ans. Ses détrac­­teurs lui reprochent souvent son arro­­gance. Pour avoir échangé ponc­­tuel­­le­­ment avec lui pendant plus de vingt ans, je pense que Venter a tout à fait le droit de présu­­mer de sa capa­­cité à construire une entre­­prise biotech à partir de presque rien. Oui, il peut se montrer un peu trop viril. Oui, il démontre un irres­­pect total envers l’au­­to­­rité et la bureau­­cra­­tie. Et oui, il lui arrive de ne pas mâcher ses mots. Pour­­tant, au fil des ans, je l’ai trouvé le plus souvent affable et amusant. Plus on passe de temps en sa compa­­gnie, plus sa complexité devient appa­­rente. Dire qu’il est égocen­­trique serait trop réduc­­teur : il sait ce qu’il veut et surtout, il sait comment moti­­ver les troupes pour être sûr de l’ob­­te­­nir.

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Venter devant une machine du centre
Crédits : HLI

Et si cette confiance en soi n’est pas inha­­bi­­tuelle parmi les riches Cali­­for­­niens, elle n’en demeure pas moins conta­­gieuse. Lors d’une confé­­rence de presse, Brad Perkins, chef du service médi­­cal de HLI, énumère les nombreux succès de Venter, du premier séquençage d’ADN d’un être vivant à la créa­­tion de génomes synthé­­tiques – Venter a laissé son empreinte dans ce qu’on quali­­fie aujourd’­­hui de « premier orga­­nisme synthé­­tique au monde ». « Il n’a pas été payé pour dire tout cela, mais je m’as­­su­­re­­rai qu’il le soit plus tard », me confie Venter en souriant. Sans la moindre note d’iro­­nie, Perkins conti­­nue son discours en compa­­rant Venter à un Chris­­tophe Colomb de la biolo­­gie parti à la conquête d’une terre incon­­nue et des données qui la composent pour « renver­­ser le para­­digme de la santé publique » et ainsi passer d’un système de soins ad hoc à un autre, plus proac­­tif, de préven­­tion. « Bien­­ve­­nue dans le nouveau monde », annonce Perkins. HLI a soumis une analyse des 10 000 premiers génomes humains à publi­­ca­­tion, marquant une étape capi­­tale dans le projet de Venter : un premier pas vers la créa­­tion d’une base de données desti­­née non seule­­ment à deve­­nir la plus impor­­tante et la plus complète au niveau inter­­­na­­tio­­nal, mais aussi à trans­­for­­mer les services de santé et appor­­ter des réponses à l’une des plus anciennes ques­­tions au monde : peut-on combattre les ravages du vieillis­­se­­ment ?

Réécrire la vie

Une partie des citoyens améri­­cains ayant l’es­­pé­­rance de vie la plus longue réside en bord de mer, sur les collines de La Jolla, une commune huppée de San Diego. S’il existe un lieu où les habi­­tants ont le plus de chances de vivre une longue et heureuse vie, c’est bien ici, le long de cette courbe du litto­­ral paci­­fique. Au début des années 1950, la zone de Torrey Pines était réser­­vée à la recherche et aux indus­­tries légères. C’est avec la venue de Jonas Salk, inven­­teur du premier vaccin sûr et effi­­cace contre la polio, que la biote­ch­­no­­lo­­gie s’est implan­­tée dans la région.

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L’Ins­­ti­­tut J. Craig Venter à La Jolla
Crédits : HLI

On y trouve aujourd’­­hui la plus forte concen­­tra­­tion en insti­­tu­­tions acadé­­miques et biote­ch­­niques au monde : le Salk Insti­­tute, bien sûr, mais égale­­ment le Sanford Burn­­ham Prebys Medi­­cal Disco­­very Insti­­tute, le Scripps Research Insti­­tute, ainsi que les labo­­ra­­toires de recherche de grands groupes phar­­ma­­ceu­­tiques tels que Novar­­tis, Pfizer, Celgene et Vertex. Selon Venter, « San Diego a toujours fourni un envi­­ron­­ne­­ment très favo­­rable à la recherche en biolo­­gie et en méde­­cine ». D’ailleurs, il fut lui-même étudiant à l’uni­­ver­­sité de Cali­­for­­nie à San Diego, où il obtint un docto­­rat en biochi­­mie « il y a très, très long­­temps » (en 1975). Ce fut alors le début d’une remarquable odys­­sée scien­­ti­­fique, digne d’un conte de fées compte tenu de ses origines modestes : une enfance passée dans une banlieue ouvrière du sud de San Fran­­cisco, une courte carrière de surfeur et un déploie­­ment au Viêt Nam pendant la guerre. Venter commença à bâtir sa répu­­ta­­tion dans le domaine du séquençage de l’ADN en 1992 à Rock­­ville, dans le Mary­­land, lorsqu’il créa The Insti­­tute of Geno­­mic Research (TIGR, l’Ins­­ti­­tut de recherche géno­­mique), un centre de recherche privé à but non lucra­­tif. Le T majus­­cule était inten­­tion­­nel : Venter voulait que son insti­­tut soit consi­­déré comme un Tigr(e). Des nombreux succès du TIGR, on se souvien­­dra surtout du premier séquençage complet de l’ADN d’un orga­­nisme vivant, la bacté­­rie Haemo­­phi­­lus influenza, en 1995. À cette époque, Venter se trou­­vait dans un tel état de stress qu’il fut hospi­­ta­­lisé pour une péri­­to­­nite due à une infec­­tion poten­­tiel­­le­­ment mortelle.

En 1998, il fonda Celera Geno­­mics, une entre­­prise finan­­cée par des fonds privés, ce qui lui attira les foudres de ses pairs œuvrant dans le public. Et pour­­tant, se défend-il encore aujourd’­­hui, Celera vendait ses infor­­ma­­tions aussi bien aux univer­­si­­taires qu’aux grands groupes phar­­ma­­ceu­­tiques. Il se trouva alors en compé­­ti­­tion avec quelques-unes des plus grandes insti­­tu­­tions scien­­ti­­fiques au monde. Cette course folle le propulsa à la une des jour­­naux en juin 2000, lorsque Celera dévoila son premier séquençage de génome humain – en même temps qu’un autre séquençage financé par le secteur public.

« Nous réécri­­vons le code géné­­tique du cochon pour faire progres­­ser les greffes d’or­­ganes » — Craig Venter

« Tout le monde parle de coopé­­ra­­tion scien­­ti­­fique, mais cette notion, c’est moi qui l’ai inven­­tée, avec les meilleures équipes au monde. Les mathé­­ma­­ti­­ciens, les déve­­lop­­peurs de logi­­ciels, les ingé­­nieurs en infor­­ma­­tique et ceux qui ont conçu l’ap­­pa­­reil de séquençage, les spécia­­listes du cloud et de machine lear­­ning, les géné­­ti­­ciens, les biolo­­gis­­tes… Tous travaillent ensemble, avec un objec­­tif commun. » Dès qu’il s’agit de sa capa­­cité à diri­­ger et vendre des idées, Venter ne fait preuve d’au­­cune once de modes­­tie. Selon lui, tous les spécia­­listes en géno­­mique veulent que ce domaine soit inté­­gré à la méde­­cine. Lorsqu’il a fallu déter­­mi­­ner où cette fusion aurait lieu, et ainsi finir le travail commencé avec Celera, Venter et son épouse ont décidé de retour­­ner sur la côte ouest des États-Unis. Le choix était facile : à San Diego, on travaille dur, puis « on va prendre des cock­­tails sur la plage ». Il se sont instal­­lés en 2007 sur le flanc d’une colline escar­­pée, dans une maison en L recou­­verte de stuc couleur crème et dont les larges baies vitrées offrent une vue impre­­nable sur le Paci­­fique. C’est dans cette même bâtisse à trois étages qu’ils se sont mariés l’an­­née suivante.

Aujourd’­­hui en réno­­va­­tion, on peut y admi­­rer des modèles réduits de navires en bois, une collec­­tion d’œuvres d’art ainsi qu’une salle remplie de « joujoux » où l’on trouve entre autres des voitures, des motos et des planches de surf. En haut des falaises surplom­­bant les plages de La Jolla, sur un morceau de terrain appar­­te­­nant à l’uni­­ver­­sité, Venter a installé le campus de son établis­­se­­ment à but non lucra­­tif : le J. Craig Venter Insti­­tute, un labo­­ra­­toire au bilan carbone neutre qui fonc­­tionne à l’éner­­gie solaire et récolte les eaux de pluie. Cons­­truit en ciment et en cèdre d’Es­­pagne, le bâti­­ment n’est pas sans évoquer la forme d’un navire, en hommage à la passion de Venter pour la voile. L’en­­tre­­pre­­neur y a bien sûr un énième bureau au deuxième étage dans lequel sont expo­­sés ses diplômes et ses médailles, aux côtés d’une moto ancienne et, entre autres, d’une maquette de son cerveau. Venter a égale­­ment créé Synthe­­tic Geno­­mics, qui occupe désor­­mais plusieurs petits immeubles à flanc de colline, le long de la route North Torrey Pines. Cette entre­­prise a pour mission de comprendre les prin­­cipes fonda­­men­­taux de la vie et de les réécrire pour créer de nouveaux orga­­nismes capables de produire du pétrole, des produits chimiques et des médi­­ca­­ments. À l’ori­­gine, les cher­­cheurs de Synthe­­tic Geno­­mics s’in­­té­­res­­saient aux cellules simples présentes dans les bacté­­ries. Ils se concentrent désor­­mais sur les cellules plus complexes des êtres humains et cherchent égale­­ment à trans­­for­­mer des organes de cochon pour les rendre compa­­tibles avec l’homme. « Nous réécri­­vons le code géné­­tique du cochon pour faire progres­­ser les greffes d’or­­ganes », précise Venter. Ils espèrent que ces cochons seront prêts en 2020.

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Le QG de Human Longe­­vity, Inc.
Crédits : HLI

C’est pour faire la synthèse de tous ces diffé­­rents programmes que Venter a fondé HLI avec Robert Hariri, grand pion­­nier de la recherche sur les cellules-souches, et Peter Diaman­­dis, entre­­pre­­neur dans le secteur de la tech­­no­­lo­­gie et qui a notam­­ment érigé la Fonda­­tion X PRIZE. Venter conçoit HLI comme une version de Celera sous stéroïdes qui occupe aujourd’­­hui plus de 5 000 mètres carrés à San Diego et 2 000 mètres carrés supplé­­men­­taires du côté de Torrey Pines, le long d’une grande artère surnom­­mée « la route de la guéri­­son ». « L’idée derrière tout ça, c’est d’iden­­ti­­fier le risque, puis de le modi­­fier pour que vous soyez en bonne santé sur de plus longues périodes », explique Thomas Casey, profes­­seur en géné­­tique humaine et molé­­cu­­laire au Baylor College of Medi­­cine de Hous­­ton, au Texas, et membre du comité consul­­ta­­tif de HLI. « C’est aussi ce que les patients veulent : gagner quelques années, certes, mais surtout que ces années gagnées soient de bonne qualité. » HLI a commencé à emma­­ga­­si­­ner des codes géné­­tiques humains en séquençant de l’ADN pour des parte­­naires qui avaient besoin d’ali­­men­­ter leurs propres recherches. Tim Spec­­tor, du King’s College de Londres, est l’un d’entre eux : il tient un registre de données sur 11 000 jumeaux. « Lorsqu’on passe un peu de temps seul avec Venter, on finit par comprendre qu’il est très diffé­rent de l’image qu’il donne aux médias – plus calme, moins sauvage », raconte Spec­­tor. Il se souvient encore de l’offre faite par Venter : j’ai une super tech­­no­­lo­­gie, vous avez de super phéno­­types (des données sur l’ana­­to­­mie, la physio­­lo­­gie et le compor­­te­­ment des patients)… et si on les combi­­nait ?

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Extrait d’une séquence d’ADN
Crédits : HLI

HLI a séquencé l’ADN de près de 2 000 indi­­vi­­dus pour Spec­­tor et mené d’autres analyses. Un parte­­na­­riat a égale­­ment été mis en place avec Disco­­very, une mutuelle de santé instal­­lée à Sand­­ton en Afrique du Sud, pour séquen­­cer l’ADN de ses clients rési­­dant là-bas ainsi qu’au Royaume-Uni. En prime, ce parte­­na­­riat vien­­dra enri­­chir les données mondiales pour la recherche sur l’ADN en y ajou­­tant du maté­­riel géné­­tique issu d’Afrique. Et ce n’est là qu’une frac­­tion de ce que Venter espère voir deve­­nir la plus grande base de données en phéno­­types et géno­­types au monde. Cepen­­dant, lorsqu’il s’agit de rallon­­ger l’es­­pé­­rance de vie, HLI se heurte à une sérieuse concur­­rence, notam­­ment au travers d’en­­tre­­prises telles que Calico, soute­­nue par Google.

Une vie déco­­dée

Si Venter souhaite à tout prix comprendre les méca­­nismes à l’ori­­gine de la vie, c’est que, para­­doxa­­le­­ment, il a un jour souhaité mettre fin à la sienne. Il raconte sa tenta­­tive de suicide dans son auto­­bio­­gra­­phie, A Life Deco­­ded. Il y a même fait allu­­sion en juin 2000, lors d’un discours donné à la Maison-Blanche. En présence du président Clin­­ton, Venter a raconté comment « il y a main­­te­­nant trente-trois ans, je n’étais qu’un jeune homme qui servait dans le corps médi­­cal au Viêt Nam et j’ai décou­­vert par moi-même combien les fils qui nous raccrochent à la vie sont ténus. C’est cette expé­­rience qui m’a donné envie de comprendre comment les milliards de cellules qui consti­­tuent notre orga­­nisme inter­­a­gissent entre elles pour créer et préser­­ver la vie. » ulyces-craigventer-12 Origi­­naire de la baie de San Fran­­cisco, Venter était un adoles­cent rebelle et indis­­ci­­pliné. Inscrit au lycée Mills High School de Mill­­brae, il n’ex­­cel­­lait qu’en éduca­­tion physique, nata­­tion et ébénis­­te­­rie, et il obtint son diplôme sans distinc­­tion parti­­cu­­lière. À 17 ans, il partit s’ins­­tal­­ler à Newport Beach en quête de vagues et de jolies filles… jusqu’au jour où il fut déta­­ché au Viêt Nam. Sa vie chan­­gea alors du tout au tout. Au camp d’en­­traî­­ne­­ment de San Diego, un test lui apprit qu’il avait un QI de 142 – un score suffi­­sam­­ment élevé pour lui ouvrir les portes d’une carrière dans la marine. Il choi­­sit la seule option qui lui permet­­trait de passer le moins de temps possible enrôlé dans l’ar­­mée : une forma­­tion médi­­cale au sein de l’école de l’hô­­pi­­tal du corps des marines. Au Viêt Nam, Venter se heurta à maintes reprises à l’ins­­tinct le plus primi­­tif de tous – l’ins­­tinct de survie –, ce qui eut un profond impact psycho­­lo­­gique sur le jeune homme.

Au bout de cinq mois, il rejoi­­gnit la mer et se mit à nager vers l’ho­­ri­­zon, fuyant la « ribam­­belle de corps qu’on évacuait des jungles ». Il se souvient alors : « J’ai repris contact avec la réalité lorsqu’un requin m’a pris pour cible… Il s’est mis à s’amu­­ser avec moi en me mordant puis en me relâ­­chant aussi­­tôt. » Venter reprit alors tous ses esprits : « J’étais submergé par la peur… Je voulais rester en vie, comme jamais je ne l’avais voulu aupa­­ra­­vant. » Cet inci­dent alluma en lui un feu ardent. Il reprit ses études en 1969, d’abord au collège commu­­nau­­taire de San Mateo, puis à l’uni­­ver­­sité de Cali­­for­­nie à San Diego. C’est là qu’il passa de méde­­cin à scien­­ti­­fique, s’in­­té­­res­­sant tout d’abord à la réponse « combat-fuite » provoquée par l’adré­­na­­line. Trois ans après le cauche­­mar du Viêt Nam, il publia sont premier article dans la revue scien­­ti­­fique de l’Aca­­dé­­mie des sciences améri­­caine PNAS. « J’étais fou de joie. »

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Craig Venter dans son labo­­ra­­toire
Crédits : Joe Pugliese

Retour dans son bureau de San Diego. C’est en riant qu’il m’avoue qu’aujourd’­­hui encore, il ne saurait dire ce qui a le plus béné­­fi­­cié de son travail sur le génome humain : ses études scien­­ti­­fiques ou sa forma­­tion mili­­taire ? Avec HLI, c’est la première fois qu’il pratique la méde­­cine depuis la guerre du Viêt Nam. Une méde­­cine toute­­fois bien ancrée dans l’ère de l’ « -ome », du big data et du cloud. Sa quête pour la connais­­sance de soi débuta il y a main­­te­­nant deux décen­­nies, lorsqu’il se lança dans la compé­­ti­­tion visant à déco­­der le génome humain. Tout commença par une ques­­tion très simple : où trou­­ver des échan­­tillons ? Cette ques­­tion, il cher­­cha à y répondre avec l’aide de son bras droit, Ham Smith, prix Nobel de méde­­cine. Ils optèrent pour une source riche en ADN faci­­le­­ment renou­­ve­­lée : le sperme, et en l’oc­­cur­­rence, leur propre sperme. « Quand il nous a fallu trou­­ver des donneurs d’ADN, nous nous sommes dits que nous pour­­rions diffi­­ci­­le­­ment trou­­ver deux indi­­vi­­dus mieux infor­­més que nous sur la planète », raconte Venter dans son auto­­bio­­gra­­phie. « Par ailleurs, chacun de nous était très curieux d’en apprendre plus sur son propre génome. » Ainsi, lorsque les recherches commen­­cèrent réel­­le­­ment chez Celera, l’ADN de Venter finit par se retrou­­ver en larges propor­­tions dans le génome présenté à la Maison-Blanche en 2000. Ce génome éclec­­tique, qui compre­­nait alors l’ADN de plusieurs personnes, donna peut-être au public un aperçu des ingré­­dients néces­­saires à la créa­­tion d’un être vivant, « mais il ne nous a pas aidé vrai­­ment à comprendre un seul être humain dans sa tota­­lité ».

Des années plus tard, le 4 septembre 2007, une équipe menée par Sam Levy a achevé de lire le code géné­­tique de Venter : pour la première fois, on avait enfin accès au génome (et aux six milliards de nucléo­­tides) d’un seul être humain. On espé­­rait que ce code four­­ni­­rait de précieux indices sur la santé et le bien-être. En affi­­chant son chro­­mo­­some 19 à l’écran, Venter a dû faire face à un mauvais présage géné­­tique, sous la forme du gène de l’apo­­li­­po­­pro­­téine E (ApoE) char­­gée de régu­­ler les taux de certaines graisses dans le sang. Dans le code géné­­tique, ce gène est consti­­tué de 900 lettres et se présente sous trois diffé­­rentes formes, E2, E3 et E4, la diffé­­rence entre chaque forme ne tenant qu’à deux lettres. E3 est la variante la plus courante parmi les popu­­la­­tions euro­­péennes et cauca­­siennes, et égale­­ment la « meilleure » en termes de santé. Malheu­­reu­­se­­ment, Venter possède bien un allèle E3, mais égale­­ment un allèle E4, qui diffère seule­­ment d’une lettre et qu’on asso­­cie à un risque accru de déve­­lop­­per la mala­­die d’Alz­­hei­­mer. Venter a alors eu la chance d’es­­sayer de chan­­ger sa desti­­née. Il a commencé un trai­­te­­ment à base de statine, un médi­­ca­­ment utilisé pour réduire le taux de choles­­té­­rol et dont les résul­­tats pour réduire les symp­­tômes d’Alz­­hei­­mer se montraient alors promet­­teurs.

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Les données récu­­pé­­rées sont très complètes
Crédits : HLI

Pour­­tant, ce qui l’a surpris le plus, c’est le peu d’in­­for­­ma­­tions que son génome lui four­­nis­­sait. Mais à cette époque, personne ne savait lire le génome avec préci­­sion. Le problème n’était donc pas le contenu, mais son inter­­­pré­­ta­­tion. Chaque génome humain est diffé­rent, et déchif­­frer ces diffé­­rences est essen­­tiel si l’on veut un jour comprendre ce que les génomes ont à nous apprendre sur la santé. Il n’y avait alors pas suffi­­sam­­ment de génomes à compa­­rer à celui de Venter. « En compa­­rai­­son avec d’autres, cela faisait un bon moment qu’on avait séquencé mon ADN… Je voulais désor­­mais le remettre dans un contexte plus large », explique-t-il.

Le Nucléus

Venter semble tout à fait à son aise tandis que jour­­na­­listes, employés et digni­­taires prennent place pour une confé­­rence de presse au HLI. « Faites aussi entrer les acteurs », plai­­sante-t-il. « C’est toujours plus impres­­sion­­nant quand tous les sièges sont occu­­pés. » C’est devant une salle comble qu’il expose ses projets à venir avec, dans son dos, son propre code géné­­tique imprimé sur une affiche. Rien n’est laissé au hasard. Les multiples facettes dévoi­­lées par Venter au fil des ans soulignent toutes son esprit vision­­naire et son éner­­gie, deux quali­­tés qui, selon Brad Perkins, l’ont toujours poussé à « promettre l’im­­pos­­sible et décro­­cher la Lune ». À mon avis, ses détrac­­teurs n’ap­­prou­­ve­­raient qu’à moitié, mais cette confé­­rence de presse ne fait pas excep­­tion à la règle. « À l’heure qu’il est, nous ne savons inter­­­pré­­ter que moins d’1 % du génome », affirme Venter. « Mais de telles connais­­sances, aussi limi­­tées soient-elles, sont extrê­­me­­ment précieuses pour mettre en place un nouveau para­­digme de méde­­cine préven­­tive. Ces infor­­ma­­tions permet­­tront aux gens de mieux comprendre les risques pour leur santé et, je l’es­­père, de sauver de nombreuses vies. »

Les machines Illu­­mina génèrent des « tweets » d’ADN, d’une longueur de 150 lettres chacun.

Il explique ensuite qu’à ce jour, HLI a récolté les séquences d’en­­vi­­ron 20 000 génomes complets. Lorsqu’on lui demande s’il s’agit de la plus grande base de données dispo­­nible, il préfère ne pas se pronon­­cer – c’est probable, mais beau­­coup de variables entrent en jeu et de nos jours, « n’im­­porte qui peut dire n’im­­porte quoi ». Bien sûr, il souhaite amas­­ser encore plus de génomes. L’en­­tre­­prise peut encore accueillir de nouveaux labo­­ra­­toires de séquençage au troi­­sième étage et envi­­sage d’ou­­vrir un second centre à Singa­­pour, avec pour objec­­tif de parve­­nir à séquen­­cer 100 000 génomes par an – qu’il s’agisse d’ADN d’en­­fants, d’adultes ou encore de cente­­naires, qu’ils soient malades ou en bonne santé.

D’ici à 2020, Venter espère qu’un million de génomes auront ainsi été séquen­­cés. Pour faire de HLI le plus impor­­tant programme de séquençage d’ADN au monde, Venter a acheté 24 séquen­­ceurs HiSeq X haute tech­­no­­lo­­gie à l’en­­tre­­prise Illu­­mina, instal­­lée à tout juste un kilo­­mètre de là, deve­­nant ainsi leur plus gros client. Rien que pour les produits réac­­tifs desti­­nés aux machines, HLI devra débour­­ser la somme exor­­bi­­tante de 30 millions de dollars par an. Chaque machine a été bapti­­sée d’après un person­­nage de Star Wars – nommer un séquen­­ceur Yoda, Jar ou Bane (oui, on m’a certi­­fié qu’il existe bien un person­­nage du nom de Dark Bane) est en effet bien plus facile que de mémo­­ri­­ser les noms elfiques du Seigneur des anneaux, ainsi que me l’a confié Bill Higgs, chef du dépar­­te­­ment de séquençage géno­­mique de HLI. Les machines Illu­­mina génèrent ce qu’on pour­­rait appe­­ler des « tweets » d’ADN, d’une longueur de 150 lettres chacun. Pour lire les séquences bien plus longues (17 000 lettres), HLI possède égale­­ment deux séquen­­ceurs Paci­­fic Bios­­cience qui permettent de trai­­ter les brins d’ADN très répé­­ti­­tifs. Mais là où les séquen­­ceurs Paci­­fic Bios­­cience ne peuvent établir à eux deux qu’un seul génome humain par mois (à hauteur de trente lectures, c’est-à-dire en effec­­tuant le séquençage trente fois pour assu­­rer une préci­­sion raison­­nable), chaque séquen­­ceur Illu­­mina peut en établir 16 en seule­­ment trois jours (avec un même nombre de lectures). Chaque semaine, ces machines envoient des téra­oc­­tets entiers de données vers le cloud d’Ama­­zon Web Services. Et Biggs de conclure : « Une telle échelle de données, c’est vrai­­ment impres­­sion­­nant. » Il arrive que les cher­­cheurs de HLI prennent quelques raccour­­cis et qu’au lieu de séquen­­cer les six milliards de lettres qui composent le code géné­­tique d’un être humain, ils ne s’in­­té­­ressent qu’aux 1 à 2 % qui regroupent l’en­­semble des gènes. Cela ne coûte alors que 250 dollars aux clients. De l’avis de Venter, ceux qui affirment que la géno­­mique ne béné­­fi­­ciera qu’aux riches « ont trouvé leurs données dans une pochette surprise ».

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Le Nucléus permet une analyse en profon­­deur
Crédits : HLI

Il pour­­suit en m’ex­­pliquant que leurs décou­­vertes ont fait évoluer la repré­­sen­­ta­­tion statique qu’on se faisait du génome. Par exemple, en ayant recours à trois tech­­no­­lo­­gies de séquençage diffé­­rentes, Venter a comparé son génome actuel a celui de 2006 : « Ce qu’on a décou­­vert, et qui n’au­­rait pas manqué de boule­­ver­­ser tout le monde il y a 15 ans, c’est que notre génome est en constante évolu­­tion. Il est donc possible de déter­­mi­­ner votre âge à partir de votre génome avec plus ou moins de préci­­sion, ou du moins, l’âge que vous aviez au moment du prélè­­ve­­ment. » Malgré la portée de ses ambi­­tions, HLI ne serait rien de plus qu’une énième entre­­prise de séquençage et de tests ADN sans les efforts de Venter, qui recoupe systé­­ma­­tique­­ment les infor­­ma­­tions tirées de l’ADN avec tout un éven­­tail de données médi­­cales rela­­tives à chaque patient, stockées dans ce qu’il appelle un Nucléus Santé. Venter souhaite ainsi passer de la géné­­tique pure à une trans­­for­­ma­­tion « très directe » de la vie des indi­­vi­­dus. « Le plus impor­­tant dans tout cela, ce n’est pas d’ob­­te­­nir le génome en tant que tel, mais d’ob­­ser­­ver les phéno­­types et la physio­­lo­­gie et d’en comprendre les risques médi­­caux. C’est à cela que sert avant tout le Nucléus Santé. »

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Vêtu d’un élégant costume sombre et d’une chemise bleue à col ouvert, Venter lance de larges sourires à la foule venue assis­­ter à l’inau­­gu­­ra­­tion du premier Nucléus Santé, une clinique instal­­lée derrière le HLI. En ce jour d’oc­­tobre parti­­cu­­liè­­re­­ment chaud pour la saison, Venter coupe le ruban et déclare le Nucléus offi­­ciel­­le­­ment ouvert. Il explique ensuite que, bien que l’objec­­tif prin­­ci­­pal soit de mieux comprendre le génome, HLI ne se conten­­tera pas seule­­ment de récol­­ter de l’ADN humain. Il s’agira aussi d’étu­­dier les micro­­biomes des patients – notam­­ment leur flore intes­­ti­­nale, qui joue un rôle essen­­tiel dans la santé. Mieux encore, Venter aime­­rait relier ces génomes et micro­­biomes (qu’il regroupe sous l’ap­­pel­­la­­tion « -omes ») aux phéno­­types des patients, autre­­ment dit à leur anato­­mie, leur physio­­lo­­gie et leur compor­­te­­ment. Pour ce faire, il faudra leur faire passer des tests cogni­­tifs, prendre des mesures du corps et préle­­ver des échan­­tillons de sang. Ces derniers seront ensuite envoyés à Meta­­bo­­lon, une société établie à Durham en Caro­­line du Nord, qui analy­­sera des milliers de méta­­bo­­lites, lipides et autres substances. HiSeqX_Ten_Image1 Le Nucléus Santé aide à récol­­ter encore plus de données grâce à des tests non-inva­­sifs. Ma visite des locaux débute dans la pièce où les patients sont scan­­nés inté­­gra­­le­­ment afin de créer leurs avatars pour l’ap­­pli­­ca­­tion. Nous traver­­sons ensuite toute une enfi­­lade de salles blanches. Dans l’une d’entre elles, les images obte­­nues par réso­­nance magné­­tique (IRM) mettent en évidence la graisse viscé­­rale (asso­­ciée au diabète de type 2 et aux mala­­dies cardio­­vas­­cu­­laires), la masse muscu­­laire, la substance grise, la blanche, et bien d’autres choses encore. Compte tenu de la bonne nouvelle concer­­nant l’âge de son cerveau, Venter ne voit aucun incon­­vé­­nient à ce que le rapport de son « atro­­phie liée à l’âge » soit affi­­ché sur un écran. Au cours de cette visite, nous passons égale­­ment par une salle au plan­­cher surélevé grâce auquel on peut analy­­ser la démarche et les empreintes de pieds ; une « salle d’écho » dans laquelle on réalise l’écho­­car­­dio­­gramme du cœur d’un voya­­geur grâce à des ultra­­sons ; une autre pour­­vue d’un scan­­ner DXA (pour la densi­­to­­mé­­trie osseuse) ; et enfin, une pièce dotée d’un énorme appa­­reil IRM fourni par Gene­­ral Elec­­tric, où les clients peuvent person­­na­­li­­ser la musique et les nuances de couleurs pour que le temps passé dans le scan­­ner soit le plus agréable possible – après tout, certains passages dans la machine peuvent durer jusqu’à 100 minutes. Nous entrons main­­te­­nant dans ce qui ressemble à une chambre d’hô­­tel équi­­pée d’un canapé et garnie d’or­­chi­­dées roses. Là, les patients peuvent se détendre entre deux examens visant à les réduire à l’état d’oc­­tets. Dans une autre pièce peuplée d’écrans, de postes de travail et d’une table suréle­­vée, l’équipe du HLI se rassemble pour déchif­­frer ce déluge de données et en comprendre la signi­­fi­­ca­­tion. ulyces-craigventer-14 Jusqu’ici, seuls Venter et une poignée de patients ont été pris en charge par le Nucléus. Destiné initia­­le­­ment aux cadres autoas­­su­­rés et aux athlètes, un bilan complet devrait coûter dans les 25 000 dollars. Venter projette d’ou­­vrir d’autres centres, en Afrique du Sud par exemple, et envi­­sage même d’en ouvrir un autre à Londres. Envi­­ron huit patients peuvent être pris en charge chaque jour. En entre­­laçant tous ces fils de données dispa­­rates, Venter espère parve­­nir à mieux comprendre les fonde­­ments du vieillis­­se­­ment et, corré­­la­­ti­­ve­­ment, pourquoi tant de mala­­dies telles qu’Alz­­hei­­mer, le cancer et les mala­­dies du cœur y sont aussi étroi­­te­­ment asso­­ciées. En défi­­ni­­tive, il souhaite que HLI tienne ses promesses : « Nous ne sommes pas seule­­ment à la recherche d’une vie plus longue, mais d’une vie qui vaille la peine d’être vécue. »

L’im­­mor­­ta­­lité

Certains refusent toujours de croire que les tests menés par HLI aide­­ront à amélio­­rer la santé. Au lende­­main d’une prise de bec entre Venter et le jour­­na­­liste Carl Zimmer sur Twit­­ter, le site améri­­cain de santé et de méde­­cine STAT a publié un article parti­­cu­­liè­­re­­ment critique sur le sujet. Dans cet article, Rita Redberg, cardio­­logue à l’uni­­ver­­sité de Cali­­for­­nie à San Fran­­cisco et rédac­­trice en chef de la revue JAMA Inter­­nal Medi­­cine, affirme qu’on ne dispose « d’au­­cune preuve montrant que ces tests présentent le moindre avan­­tage pour les gens en bonne santé ». Ce à quoi Venter a répondu, de façon anec­­do­­tique, que l’IRM d’un patient par ailleurs en bonne santé avait révélé la présence d’un thymome sous le ster­­num qu’on a pu reti­­rer avant qu’il ne se propage ; chez une autre patiente, on avait décou­­vert un kyste ovarien de la taille d’un pample­­mousse qui aurait pu entraî­­ner de sérieuses compli­­ca­­tions. Lors de la soirée d’inau­­gu­­ra­­tion du HLI, un méde­­cin avait raconté comment son voyage avait révélé une « insuf­­fi­­sance aortique » et un kyste. « Et ce ne sont là que quelques exemples seule­­ment de ce que nous aidons à mettre en évidence », conclut Venter. ulyces-craigventer-15 D’après lui, la plupart des réti­­cences sont surtout dues à la crainte de décou­­vrir des « inci­­den­­ta­­lomes », ces masses anor­­males qui pour­­raient ne jamais entraî­­ner la moindre mala­­die. Il affirme toute­­fois que ces craintes viennent d’une époque où l’on avait encore recours aux rayons X pour les tomo­­den­­si­­to­­mé­­tries (qu’on appelle égale­­ment les CT-scan). Les appa­­reils d’IRM modernes permettent d’ob­­ser­­ver les tissus mous avec bien plus de préci­­sion et de distin­­guer diffé­­rents types de tumeurs. La vérité, c’est que les disputes concer­­nant les campagnes de dépis­­tage offrent très peu de récon­­fort à ceux qui contractent des mala­­dies graves très tôt dans leur vie. Des statis­­tiques four­­nies par les Centres pour le contrôle et la préven­­tion des mala­­dies basés à Atlanta montrent que les hommes âgés de 50 à 74 ans présentent 30 % de risques de mourir pendant cette période, un tiers de ces risques étant dus au cancer et un second tiers aux mala­­dies cardiaques. Déce­­ler les cancers et les problèmes cardiaques avant que les symp­­tômes plus graves ne se déve­­loppent pour­­rait avoir un impact consi­­dé­­rable. Les études (à paraître) menées jusqu’ici parmi les patients de HLI sont en adéqua­­tion avec ces chiffres. « Nous iden­­ti­­fions de sérieux problèmes médi­­caux chez envi­­ron un tiers des patients qui viennent au Nucléus Santé. Tous viennent nous voir pour un simple bilan physique, sans imagi­­ner une seule seconde qu’ils puissent avoir un problème. Nous avons déjà reçu une lettre dans laquelle un patient nous remer­­ciait de lui avoir sauvé la vie. » D’autres disent qu’il ne sert à rien de savoir à l’avance qu’on va contrac­­ter une mala­­die incu­­rable telle que la mala­­die d’Alz­­hei­­mer. « Je ne suis pas d’ac­­cord », riposte Venter. Compte tenu des données géné­­tiques et des résul­­tats préli­­mi­­naires des tests cliniques, il a bon espoir de voir émer­­ger de nouvelles stra­­té­­gies pour préve­­nir la mala­­die. Il est donc « ines­­ti­­mable » de connaître les risques et de pouvoir s’y prépa­­rer. « On pour­­rait compa­­rer le stade avancé de la mala­­die d’Alz­­hei­­mer à un cancer en phase termi­­nale : les deux sont quasi­­ment impos­­sibles à trai­­ter, et aucun médi­­ca­­ment magique ne pourra vous rendre les 30 % de votre cerveau détruits par la mala­­die. »

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Peut-on prédire la mala­­die grâce au génome ?
Crédits : HLI

« Nous allons bien sûr étayer nos preuves et démon­­trer la néces­­sité de déve­­lop­­per une méde­­cine préven­­tive », ajoute-t-il. HLI a encore beau­­coup à faire, notam­­ment dans la mise en place d’un essai compa­­ra­­tif rando­­misé pour compa­­rer les résul­­tats de ceux qui se soumettent ou non aux tests. Venter estime que les critiques viennent surtout d’une commu­­nauté médi­­cale bien trop conser­­va­­trice, en parti­­cu­­lier lorsqu’il s’agit d’as­­su­­rer un contrôle sur les prix des examens scano­­gra­­phiques. « C’est leur façon de dire : nous voulons conti­­nuer à faire ce que nous faisons depuis toujours, nous voulons voir les patients après l’ap­­pa­­ri­­tion des symp­­tômes, lorsqu’ils ont vrai­­ment un problème. L’ap­­proche “human longe­­vity” en est l’exact opposé. » Certaines inquié­­tudes font écho à celles expri­­mées du temps de la course au génome, surtout en ce qui concerne l’ac­­cès aux données de HLI. Nicole Soranzo, du centre Sanger de la région de Cambridge, au Royaume-Uni, décrit l’ini­­tia­­tive du HLI comme étant « formi­­dable et très ambi­­tieu­­se… Mon avis reste évidem­­ment très subjec­­tif puisque ce projet est globa­­le­­ment semblable à ce que nous aime­­rions faire chez nous ». Elle s’inquiète seule­­ment de savoir si le HLI rendra ses données publiques. Ces dernières consti­­tue­­raient des ressources ines­­ti­­mables et selon elle, il serait bien dommage de les rendre privées. C’est plutôt l’ano­­ny­­mat des patients qui inquiète le plus Venter. Pour illus­­trer son propos, il me fait signe d’ap­­pro­­cher et de regar­­der l’écran de son ordi­­na­­teur. HLI a rassem­­blé une équipe d’ex­­perts en machine lear­­ning de la Sili­­con Valley, avec à leur tête Franz Och, l’in­­ven­­teur de Google Trans­­late. Leur rôle est d’uti­­li­­ser les données récol­­tées pour prédire les risques pour la santé et iden­­ti­­fier des points communs. Cette approche fait d’ailleurs l’objet de quelques critiques. Peter Cove­­ney, de l’UCL (Univer­­sity College de Londres), a notam­­ment pris part à un programme visant à créer un modèle infor­­ma­­tique du corps humain. Selon lui, la méde­­cine actuelle manque de « connais­­sances massives » pour rendre ces méthodes effi­­caces. De telles stra­­té­­gies fonc­­tionnent mieux lorsqu’elles sont guidées par la théo­­rie – en l’oc­­cur­­rence, des connais­­sances appro­­fon­­dies des méca­­nismes des mala­­dies. Faute de théo­­rie pour expliquer les corré­­la­­tions, les résul­­tats compren­­dront énor­­mé­­ment de faux posi­­tifs. « Plus il y a de variables qui entrent en jeu, plus le problème est impor­­tant, car il faut prévoir toutes les corré­­la­­tions possibles », explique-t-il.

Ce qui le préoc­­cupe le plus, c’est l’uti­­li­­sa­­tion abusive des données stockées dans le cloud.

HLI essaie aujourd’­­hui de prédire les traits du visage d’un indi­­vidu à partir de son génome. Un millier de volon­­taires ont accepté que leurs visages soient numé­­ri­­sés en trois dimen­­sions, leurs voix enre­­gis­­trées et leurs génomes séquen­­cés. Les cher­­cheurs s’ef­­forcent main­­te­­nant de déter­­mi­­ner à quoi ils ressemblent et quel son leur voix peut avoir, et ce unique­­ment à partir de leurs gènes. J’ob­­serve le proto­­type du géné­­ra­­teur de visages en action et compare la numé­­ri­­sa­­tion du visage du patient avec la prédic­­tion du programme. Verdict ? Pas mal. En vérité, c’est même plutôt impres­­sion­­nant, comparé aux portraits-robots d’au­­tre­­fois. Un jour, peut-être, les parents pour­­ront prédire à quoi leur enfant ressem­­blera, grâce à seule­­ment quelques brins d’ADN fœtal circu­­lant dans le système sanguin de la mère. « L’idée », m’ex­­plique Venter, « c’est que si nous sommes en mesure de retrou­­ver votre appa­­rence et le son de votre voix à partir de votre code géné­­tique, peut-être que vous pren­­drez nos autres prédic­­tions plus au sérieux, comme celles qui concernent votre santé. Cela dit, nous souhai­­tons nous montrer très prudents. C’est un algo­­rithme très puis­­sant. À partir d’un simple génome, nous pensons pouvoir iden­­ti­­fier cette personne. »

Selon lui, c’est préci­­sé­­ment parce que les données issues du génome peuvent permettre d’iden­­ti­­fier un indi­­vidu qu’elles doivent rester confi­­den­­tielles, et ne peuvent donc pas être publiées en ligne. Comment donc parta­­ger ces connais­­sances sans pour autant parta­­ger les génomes ? Venter n’a pas manqué d’abor­­der cette ques­­tion au cours de ses discus­­sions avec Geno­­mics England, un projet soutenu par le gouver­­ne­­ment britan­­nique visant à trans­­for­­mer le NHS et à combler l’écart entre la recherche et le trai­­te­­ment des mala­­dies, notam­­ment en séquençant 100 000 génomes (à ce jour, près de 6 000 génomes ont déjà été déco­­dés). À l’ins­­tar de HLI, Geno­­mics England lais­­sera à l’in­­dus­­trie le soin d’ana­­ly­­ser ces données. « Nous pensons que la base de données du HLI consti­­tuera une aide précieuse pour la recherche, et nous y donne­­rons un plein accès grâce à un système d’abon­­ne­­ments », ajoute Venter qui a égale­­ment acheté Cypher Geno­­mics, une société de San Diego sélec­­tion­­née par Geno­­mics England pour les aider à inter­­­pré­­ter le génome. Grâce à un projet qui a utilisé le génome de Venter, nous savons qu’il est possible d’iden­­ti­­fier un génome soi-disant anonyme en le recou­­pant avec des bases de données généa­­lo­­giques, des archives publiques, etc. Ceux qui s’ima­­ginent pouvoir « anony­­mi­­ser » un génome feraient bien d’y réflé­­chir à deux fois. De la même manière, il faudrait deman­­der à tous ceux dont le génome se trouve dans la base de données ce qu’ils pensent du fait que leur anony­­mat n’est pas garanti à 100 %. Les agences qui affirment que les infor­­ma­­tions tirées du génome peuvent être à la fois anonymes et placées dans le domaine public ont une notion très étrange de l’ano­­ny­­mat.

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On peut recons­­truire un visage à partir du génome
Crédits : HLI

Ce qui le préoc­­cupe le plus, c’est l’uti­­li­­sa­­tion abusive des données stockées dans le cloud, et il travaille dur pour faire en sorte que l’océan de données rela­­tives aux patients ne puisse être utilisé à des fins malveillantes. « J’ai plus confiance en mon propre juge­­ment qu’en celui d’un banal chro­­niqueur en éthique des sciences », affirme Venter. « À mon avis, soit on fait preuve d’éthique, soit on en est dénué, et aucun prêtre en sciences ne peut vous dire ce que votre ligne de conduite devrait ou pour­­rait être. »

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En 2012, le futu­­ro­­logue Ray Kurz­­weil m’a raconté comment son père était mort d’une mala­­die cardiaque et comment lui-même avait appris qu’il souf­­frait d’un diabète de type 2 à seule­­ment 35 ans. Après avoir consulté « l’un des prin­­ci­­paux four­­nis­­seurs en élixirs d’im­­mor­­ta­­lité », il a commencé à prendre 150 cachets par jour. Il espé­­rait ainsi être toujours en vie lorsque les scien­­ti­­fiques achè­­ve­­raient de bâtir ce qu’il quali­­fie lui-même de « pont » vers une nouvelle révo­­lu­­tion tech­­no­­lo­­gique, celle des cellules souches… Révo­­lu­­tion qui, à son tour, lui permet­­trait de rester en vie jusqu’au pont suivant, lorsque des nano­­ro­­bots pour­­ront enfin se dépla­­cer dans son système sanguin. Kurz­­weil est l’un des conseillers de HLI. Venter croit-il sincè­­re­­ment à ce futur tech­­no­­lo­­gique ? Non. L’idée que Kurz­­weil se fait du futur est inté­­res­­sante, mais elle n’in­­flue en rien sur les acti­­vi­­tés quoti­­diennes de Venter, et en une seule jour­­née, le premier avale davan­­tage de cachets que le second n’en consomme en une année entière. Bien sûr, Venter aime­­rait voir la méde­­cine progres­­ser autant qu’entre les années 1910 et 2010, lorsque les amélio­­ra­­tions surve­­nues dans les domaines de la santé et de l’hy­­giène ont permis de faire passer l’es­­pé­­rance de vie de 50 à 75 ans. Mais, et il insiste parti­­cu­­liè­­re­­ment sur ce point, l’aug­­men­­ta­­tion de l’es­­pé­­rance de vie n’est pas son prin­­ci­­pal objec­­tif. Il cherche avant tout la qualité, et non la quan­­tité. La planète a déjà bien assez de diffi­­cul­­tés à subve­­nir aux besoins de la popu­­la­­tion actuel­­le… Lorsque les hommes vivront jusqu’à 200 ans, « il faudra peut-être tous les castrer », ajoute-t-il avec humour.

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Craig Venter
Crédits : HLI

Qu’en est-il de sa propre quête visant à repous­­ser le vieillis­­se­­ment ? Telle une preuve géné­­tique de plus, son crâne chauve brûlé par le soleil témoigne d’un compor­­te­­ment à haut risque ainsi que de sa passion pour la nata­­tion, le surf, la voile, le cyclisme et le soleil. « Si vous vous prome­­nez dans San Diego un jour de grand beau temps comme celui-ci, lorsqu’il fait 30°C, les radia­­tions du soleil font subir des milliers de muta­­tions au génome de la peau. Heureu­­se­­ment, les cellules externes se renou­­vellent toutes les deux semaines en moyenne, ce qui en atté­­nue les effets. » Certaines personnes présentent pour­­tant des risques plus élevés de déve­­lop­­per un cancer. Venter en fait partie. Selon son profil de risque géné­­tique, il se situe dans le 93e centile. Si l’on prend en compte son compor­­te­­ment à risques, il est quasi­­ment certain qu’il déve­­lop­­pera un cancer. « J’ai eu presque toutes les formes de cancer de la peau », admet-il. Chaque année, on lui retire plusieurs carci­­nomes baso­­cel­­lu­­laires et épider­­moïdes. « Je me suis moi-même sauvé la vie en iden­­ti­­fiant très tôt un méla­­nome et en le faisant reti­­rer. » Grâce à la décou­­verte de la variante ApoE4 présente dans son code géné­­tique, cela fait main­­te­­nant 15 ans qu’il prend des médi­­ca­­ments à base de statines. Cepen­­dant, son cas est un parfait exemple des problèmes liés à l’in­­ter­­pré­­ta­­tion du génome. Il a récem­­ment passé une IRM du cerveau et on lui a égale­­ment fait un prélè­­ve­­ment pour détec­­ter la protéine amyloïde, cette substance qui s’em­­ma­­ga­­sine dans le cerveau chez les patients atteints de la mala­­die d’Alz­­hei­­mer. Si les analyses avaient révélé des traces d’amy­­loïde et qu’un diagnos­­tic d’Alz­­hei­­mer avait été établi, les méde­­cins crai­­gnaient que Venter ne perde ses action­­naires et son travail bien avant de perdre la tête. « Cela leur faisait telle­­ment peur qu’ils m’ont fait passer les tests sous un pseu­­do­­nyme », me confie-t-il.

Sa première sugges­­tion ? Charles Darwin. timthumbOn lui a injecté une molé­­cule radio­ac­­tive inof­­fen­­sive qui se fixe aux amas d’amy­­loïde et qu’on peut mettre en évidence avec une tomos­­cin­­ti­­gra­­phie par émis­­sion de posi­­tons (égale­­ment appe­­lée PET-scan.) « La bonne nouvelle, c’est qu’ils n’ont trouvé aucune trace d’amy­­loïde. » Il se peut que le lien unis­­sant la mala­­die d’Alz­­hei­­mer et la combi­­nai­­son de gènes ApoE de Venter reste encore à étudier : il existe en effet des gènes protec­­teurs suscep­­tibles d’en compen­­ser les effets. De même, certains facteurs exté­­rieurs, tels qu’un coup porté à la tête, pour­­raient avoir leur impor­­tance. Ou peut-être même qu’il s’agit d’un mélange de tous ces facteurs, conclut-il. Le premier « voya­­geur » HLI a reçu une autre bonne nouvelle : son cardio­­logue est très satis­­fait des derniers clichés de son cœur. « Cela les impres­­sionne que mon cœur soit encore là et qu’il fonc­­tionne toujours. » À bien­­tôt 70 ans, Craig Venter n’a que trop conscience de sa propre morta­­lité. Bien que sa mère, âgée de 92 ans, soit encore « plutôt en forme » malgré un acci­dent vascu­­laire céré­­bral, son père les a quit­­tés à 59 ans des suites d’un arrêt cardiaque. « J’au­­rai au moins gagné dix ans de plus », déclare-t-il en riant. Mais si c’est vrai­­ment l’im­­mor­­ta­­lité que vous cher­­chez… « faites quelque chose qui donne un sens à votre vie ».


Traduit de l’an­­glais par Emilie Barbier d’après l’ar­­ticle « What’s wrong with Craig Venter? », paru dans Mosaic. Couver­­ture : Craig Venter à son insti­­tut.


Un scien­­ti­­fique français a trouvé le substi­­tut parfait au sang humain

frankzal

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