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Alors que le Coronavirus 2019-nCoV menace de faire de plus en plus de victimes, la communauté scientifique part à sa source.

par Servan Le Janne | 28 janvier 2020

La ville figée

À Wuhan, dans le centre de la Chine, le mot est sur toutes les lèvres. Derrière les masques d’hy­giène porté par les 11 millions d’ha­bi­tants, il tord les bouches, glace le sang et se répand de loin en loin, sans égard pour les barrière levées au milieu des rues. « Coro­na­vi­rus », souffle-t-on autour du marché de fruits de mer dont les rideaux de fer sont bais­sés depuis le 1er janvier. « Coro­na­vi­rus 2019-nCoV », répètent les mieux infor­més dans les couloirs bondés de l’hô­pi­tal, alors que des pelle­teuses retournent la terre, en lisière d’une ville figée, pour en faire sortir un autre établis­se­ment de santé aussi vite que possible. La situa­tion est « grave », a reconnu le président Xi Jinping samedi 25 janvier.

Depuis la détec­tion du premier cas, le 8 décembre 2019, 2 700 indi­vi­dus ont offi­ciel­le­ment été conta­mi­nés et 80 ont péri, des chiffres large­ment sous-esti­més. D’après un rapport préli­mi­naire publié par une équipe de cher­cheurs britan­niques et améri­cains le 24 janvier, cela ne repré­sente qu’en­vi­ron 5 % des infec­tions. Malgré la quaran­taine impo­sée à 40 millions de personnes dans la région, leur étude prévoit une explo­sion de l’épi­dé­mie, qui devrait hisser le nombre de malades au-dessus des 190 000, à la faveur des dépla­ce­ments engen­drés par le Nouvel An lunaire.

Crédits : Sistema 12

Pendant que la France prenait en charge trois patients, les auto­ri­tés chinoises ont annoncé l’in­ter­dic­tion du commerce d’ani­maux sauvages dans tout le pays dimanche 26 janvier. Le lende­main, elles consta­taient que 33 des 585 échan­tillons préle­vés sur le marché de fruits de mer de Huanan conte­naient l’acide nucléique du 2019-nCoV. À deux excep­tions près, ils proviennent tous de l’ouest du site, où n’étaient pas vendus des animaux marins mais des espèces terrestres sauvages. Jamais un coro­na­vi­rus n’a été observé en milieu aqua­tique.

Cette famille de virus, qui doit son nom à sa forme en couronne, regroupe des infec­tions nouvelles, appa­rues au terme d’une muta­tion. Elles peut provoquer des rhumes bénins ou, comme dans le cas du 2019-nCoV, des pneu­mo­nies assez graves pour entraî­ner la mort. D’après une étude publiée par des cher­cheurs de viro­lo­gie de l’Ins­ti­tut de Wuhan, le 23 janvier 2020, dans la revue BioRxiv, le génome du 2019-nCoV possède 79,5 % de points communs avec le SARS-CoV, une pandé­mie simi­laire qui a tué 774 personnes entre novembre 2002 et juillet 2003. Son ADN présente 96 % de traits iden­tiques à un coro­na­vi­rus de chauve-souris, ce qui n’est pas éton­nant puisque c’est l’ani­mal qui aurait porté le SARS-CoV, avant qu’il se trans­mette à l’être humain par le biais des chameaux et des civettes palmistes à masque.

Cette fois, une autre bête aurait servi de véhi­cule au virus. Dans un article publié le 22 janvier par le Jour­nal of Medi­cal Viro­logy, cinq cher­cheurs chinois passent en revue les suspects. Après avoir listé les animaux qu’on trouve sur le marché de Wuhan, ils comparent leur ADN avec les portions du génome choi­sis par le 2019-nCoV pour s’adap­ter à son hôte. Résul­tat, le coro­na­vi­rus privi­lé­gie une séquence utili­sée par deux serpents, le bongare rayé (Bunga­rus multi­cinc­tus) et le cobra chinois (Naja atra), des espèces veni­meuses vendues sur le fameux marché. « À tout prendre, les serpents pour­raient être les animaux sources les plus probables pour le 2019-nCoV », peut-on lire.

Crédits : Thomas Brown

Un jour plus tard, des cher­cheurs inter­ro­gés par la revue Nature réfutent cette hypo­thèse. D’après le viro­logue brési­lien Paulo Eduardo Brandão, un tel virus peut seule­ment infec­ter des oiseaux ou des mammi­fères. Il n’au­rait qui plus est pas eu un temps suffi­sant pour alté­rer le génome d’un animal de manière à ce qu’une analyse ADN s’avère concluante. Les cinq cher­cheurs chinois « n’ont aucune preuve que les serpents peuvent être infec­tés par ce nouveau coro­na­vi­rus et en être l’hôte », pointe-t-il. À la diffé­rence des chauve-souris, des chameaux et des civettes palmistes à masque, les reptiles ne sont pas des mammi­fères.

Si le suspect – cet animal par lequel le virus a atteint l’hu­main – reste inconnu, on connaît désor­mais l’ori­gine du mal. À en croire le direc­teur du dépar­te­ment de santé globale à l’Ins­ti­tut Pasteur, Arnaud Fonta­net, le 2019-nCoV comme le SARS-CoV dérivent du HKU9–1, un coro­na­vi­rus iden­ti­fié chez les chauves-souris rous­settes. C’est aussi le résul­tat obtenu par des cher­cheurs de l’Ins­ti­tut Pasteur de Shan­ghai, de l’Aca­dé­mie des sciences chinoise et du minis­tère de l’Édu­ca­tion. Reste à savoir comment il s’y déve­loppe.

La grotte aux virus

Sous l’en­seigne bleue du marché de Wuhan, une rangée de poli­ciers en masques monte la garde devant les rideaux de fer bais­sés et les étalages vides. Il n’y a pas si long­temps, toutes sortes de bêtes étaient conser­vées là, en cages ou en morceaux. « Pour des raisons cultu­relles, les habi­tants de la région veulent voir les animaux qu’ils achètent être abat­tus devant eux, de manière à savoir qu’ils obtiennent ce pour quoi ils ont payé », rapporte Emily Lang­don, spécia­liste des mala­dies infec­tieuses à l’uni­ver­sité médi­cale de Chicago. « Cela veut dire qu’il y a beau­coup d’ani­maux morts évis­cé­rés devant les ache­teurs et, par consé­quent, une disper­sion de toutes sortes de choses. »

Le 2019-nCoV peut non seule­ment être trans­mis dans l’air, mais aussi passer d’un animal à l’hu­main, et d’un humain à l’autre. C’est loin d’être le cas de tous les virus. Lorsqu’ils entrent dans un nouvel orga­nisme, les agents infec­tieux sont bien souvent impuis­sants face aux diffé­rences qu’ils rencontrent. Ils ne peuvent passer cette « barrière des espèces » qu’à condi­tion de muter pour s’adap­ter aux cellules où ils viennent se loger. Diffé­rentes hypo­thèses tentent sans succès véri­table d’ex­pliquer leur appa­ri­tion sur la surface de la Terre. Ils pour­raient prove­nir de la « soupe primor­diale », cette matière première physico-chimique à l’ori­gine de la vie, déri­ver de morceaux d’acides nucléiques ou résul­ter de la simpli­fi­ca­tion d’une cellule.

Crédits : Taylor, Stoff­berg, Monadjem, Schoe­man, Bayliss et Cotte­rill

Toujours est-il que certains entraînent des patho­lo­gies, d’autres non. Or, d’après une étude publiée dans la revue Nature en 2017, les chauves-souris sont les mammi­fères à rece­ler le plus de virus trans­mis­sibles à l’être humain. Elles ont non seule­ment tendance à se regrou­per pour dormir, faci­li­tant ainsi la propa­ga­tion d’agents infec­tieux, mais se déplacent aussi sur de longues distances. Surtout, leurs virus « n’ont pas circulé chez les humains avant, qui sont donc dépour­vus de défenses immu­ni­taires contre eux », indique Bart Haag­mans, viro­logue au Centre médi­cal Eras­mus de Rotter­dam, aux Pays-Bas.

À l’in­verse, les chauves-souris ont déve­loppé un dispo­si­tif de défense immu­ni­taire puis­sant qui les empêche de succom­ber aux virus. Pour battre leurs ailes, elles utilisent une éner­gie folle, propre à endom­ma­ger leur ADN ; mais ces dégra­da­tions seraient évitées grâce à un méca­nisme qui les protège aussi contre les mala­dies. Les cher­cheurs chinois qui l’ont mis en évidence en février 2018 lui ont donné le nom de « STING-inter­fe­ron path­way ». Grâce à lui, elles résistent à des virus qui affectent les espèces voisines. Ces 45 dernières années, les chiro­ptères (le nom scien­ti­fique de la chauve-souris) ont été tenus respon­sables d’au moins quatre pandé­mies : Ebola (13 500 victimes), le virus Nipah (dont le taux de léta­lité est de 78 %) ainsi que le syndrome respi­ra­toire du Moyen-Orient (MERS-Cov) et le syndrome respi­ra­toire aigu sévère (SARS-CoV).

Ce dernier s’est déclaré dans la province du Guang­dong en 2002. Après avoir iden­ti­fié sa souche chez des civettes palmistes à masque vendues au marché, des cher­cheurs de l’Ins­ti­tut de viro­lo­gie de Wuhan en ont repéré des versions simi­laires chez des chauves-souris. Ils ont ensuite passé cinq ans à étudier une grotte du Yunnan où les vola­tils portaient un coro­na­vi­rus très proche de celui déve­loppé par les êtres humains. Cela leur a permis de séquen­cer les génomes de 15 traits géné­tiques qui, mis bout à bout, pouvaient former le virus tel qu’il exis­tait dans le corps humain. Ce résul­tat n’ex­pliquait toute­fois pas comment il aurait pu parcou­rir les 1 000 km sépa­rant la grotte du Yunnan du Guang­dong.

À la fin de leur étude, parue en 2017, les scien­ti­fiques aver­tissent contre le risque d’une autre pandé­mie, notant qu’ « une nouvelle émer­gence simi­laire au SARS est possible ». Ils estiment même que « nous ne devrions pas pertur­ber les habi­tats des animaux sauvages et ne jamais les mettre sur les marchés ». Le conseil n’a malheu­reu­se­ment pas été écouté à Wuhan, où le SARS-CoV est proba­ble­ment devenu 2019-nCoV. Appa­rem­ment moins létal, ce nouveau coro­na­vi­rus serait en revanche plus conta­gieux, ce qui pour­rait en faire un adver­saire plus diffi­cile à combattre globa­le­ment. En dehors de l’Asie, il a déjà été détecté sur tous les autres conti­nents.


Couver­ture : CDC


 

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